Με τον ερχομό του Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια στην πρωτεύουσα του νέου ελληνικού κράτους, στις 6 Ιανουαρίου 1828, οι Προστάτιδες Δυνάμεις είχαν προαποφασίσει ως έκτασή του την Πελοπόννησο και τις Κυκλάδες, με το Πρωτόκολλο της 16ης Νοεμβρίου 1828. Ήταν μια λύση που συμβίβαζε τα αντιτιθέμενα συμφέροντα, ιδιαίτερα της Γαλλίας και της Αγγλίας, στο χώρο της Μεσογείου. Εις μάτην ο Κυβερνήτης, πριν φθάση στην Ελλάδα, αξίωνε με το υπόμνημά του, της 3ης Οκτωβρίου 1827, τα ιστορικά δίκαια των Ελλήνων γράφοντας:“Τα όρια της Ελλάδος από τεσσάρων μεν αιώνων διεγράφησαν υπό δικαιωμάτων, τα οποία ούτε χρόνος, ούτε αι πολύμορφοι συμφοραί, ούτε η δορυκτησία ουδέποτε ίσχυσαν να παραγράψωσιν, διεγράφησαν δε από του 1821 δια του αίματος του χυθέντος εις τας σφαγάς των Κυδωνίων, της Κύπρου, της Χίου, της Κρήτης, των Ψαρών, του Μεσολογγίου και τας πολυαρίθμους ναυμαχίας τε και πεζομαχίας, εν αίς εδοξάσθη το γενναίον τούτο Έθνος....”. Νωρίτερα, 31 Αυγούστου 1827, είχε υποβάλει λαμπρό υπόμνημα “πρός τα Ανακτοβούλια Αγγλίας, Γαλλίας, Ρωσίας”, εκθέτοντας τη δεινή θέση των Ελλήνων, διατυπώνοντας επιγραμματικά την κατάσταση της ερειπωμένης χώρας, αλλά και το φρόνημα των Ελλήνων επαναστατών. Προσωπικότητα διαμορφωμένη με την αρχαία ελληνική γραμματεία, με διεθνές κύρος και εξαιρετικές ικανότητες στο διπλωματικό πεδίο. Ως αρχή στις ενέργειές του είχε το “διά βαθμόν προχωρείν”, αποφεύγοντας να παρουσιάζη από την αρχή πλήρως τις απόψεις του εμφανίζοντας μέρος μόνον από τις ελληνικές διεκδικήσεις, όσο έκρινε ότι επέτρεπαν οι γενικές συνθήκες και προχωρούσε τολμηρότερα, εφόσον η θέση της χώρας και οι γενικές συνθήκες παρουσιάζονταν βελτιωμένες.
Στα πλαίσια αυτά, από την αρχή, απέβλεπε στην ανακατάληψη της Στερεάς Ελλάδας και κατ' επέκταση της Ναυπάκτου, γιατί γνώριζε ότι κατά τη διευθέτησή του ελληνικού ζητήματος η Πελοπόννησος ήταν εξασφαλισμένη, ενώ υπήρχε ενδεχόμενο αντίδρασης για την Στερεά Ελλάδα. Έπρεπε, λοιπόν, να καταρριφθή το ταχύτερο το απόρθητο φρούριο, μοναδικό στην Ευρώπη με πέντε διαζώματα, για να υπάρξη τετελεσμένο γεγονός στρατιωτικής κατοχής κατά το χρόνο των διπλωματικών συζητήσεων. Συνάμα δε να προφυλαχθούν, και στα πλαίσια πάντα της πολεμικής του πολιτικής, οι καλές σχέσεις με τις τρεις δυνάμεις, που θα έκριναν την τύχη του Έθνους μας. Η Ναύπακτος με την οχύρωσή της αποτελούσε στρατηγικό κόμβο μεγάλης σημασίας, λόγος για τον οποίο η κατοχή της ενίσχυε, και από την άποψη αυτή, τα επιχειρήματα για την διερεύνηση των ορίων του νέου κράτους.
Γνωρίζοντας ο Κυβερνήτης και τη διάσταση των απόψεων μεταξύ των Αγγλων και των Γάλλων αποφάσισε την γρήγορη εξέλιξη των γεγονότων. Μάλιστα στα πλαίσια των πολιτικών διεργασιών στις 23 Ιανουαρίου 1829, διορίζει “Πληρεξούσιο Τοποτηρητή” στη Στερεά Ελλάδα με το υπ' αριθμόν 8905 διάταγμα τον αδερφό του Αυγουστίνο Καποδίστρια. Πράξη καθαρά πολιτική, δεδομένης της άγνοιας του Αυγουστίνου περί τα στρατιωτικά. Ενώ ταυτόχρονα στο διπλωματικό πεδίο συνεχίζονται οι ενέργειές του για την εξουδετέρωση των δυσμενών σημείων του Πρωτοκόλλου του Νοεμβρίου 1828.
Στις 25 Φεβρουαρίου 1829, ο πληρεξούσιος τοποτηρητής του Κυβερνήτη στη Στερεά Ελλάδα Αυγουστίνος Καποδίστριας διέταξε τον αποκλεισμό των φρουρίων της Ναυπάκτου, του Αντιρρίου και του Μεσολογγίου, που κατείχαν ακόμη οι τούρκοι, για να είναι, εν όψη της Διάσκεψης των προστατών ελεύθερη η Στερεά Ελλάδα. Το πρωί της 12 Μαρτίου 1829 πλησίασαν το Αντίρριο η φρεγάτα «Ελλάς», στην οποία επέβαινε ο Τοποτηρητής, και μερικά άλλα πλοία, απο δε την ξηρά η χιλιαρχία του Κίτσου Τζαβέλλα και το ιππικό του Χατζηχρήστου. Μετά σφοδρό κανονιοβολισμό, παραδόθηκε την επομένη το φρούριο.
Η πτώση του Αντιρρίου και η ακριβής τήρηση των όρων του πρακτικού της παράδοσης ενθάρρυνε την παράδοση της Ναυπάκτου, που πραγματοποιήθηκε μετά στενή πολιορκία και ανηλεή βομβαρδισμό του φρουρίου της. Η τουρκική φρουρά της πόλης μας, αποτελούμενη από πέντε χιλιάδες στρατιώτες υπό τον εμπειροπόλεμο Κιόρ Ιμβραήμ Πασά, φάνηκε προς στιγμή, ότι θα προβάλλει σθεναρή αντίσταση.
Γι αυτό τα ελληνικά σώματα, υπό τον Νικολό Τζαβέλλα, το Φαρμάκη και το Μαστραπά περιέζωσαν το φρούριο, το δε ιππικό υπό τον Χατζηχρήστο κατεδίωξε τους εκτός των τειχών της πόλης τούρκους στρατιώτες, για να κλειστούν τελικά και αυτοί στο κάστρο, ενώ το πολεμικό «Ελλάς» με πλοίαρχο τον Ανδρέα Μιαούλη και τα άλλα μικρότερα πλοία, κανονιοβολώντας το φρούριο, απέκοπταν κάθε επικοινωνία της πόλης.
Ο Κασομούλης, στα Στρατιωτικά του Ενθυμήτατα, περιγράφει ως εξής την πολιορκία: Η πρώτη χιλιαρχία του Κίτσου Τζαβέλλα και τα σώματα του Φαρμάκη και του Μαστραπά κατέλαβαν τη δεξιά πλευρά προς το κάστρο, από το Κεφαλόβρυσο, μέχρι το Ιτς Καλέ, την κορυφή δηλαδή του κάστρου. Ο Χατζηχρήστος με το ιππικό του και το σώμα του Βέρη αναπτύχθηκαν στην αριστερή πλευρά, από τη θάλασσα και μέχρι την κορυφή του, ενώ το πυροβολικό κατέλαβε τον πάνω από το κάστρο λόφο, που λεγόταν «του Βρανά η Ράχη», σήμερα λεγομένη Βαρναράχη, αναγκάστηκαν ν' αποσυρθούν και ο στρατηγικός για την πολιορκία αυτός λόφος περιήλθε στους έλληνες.
Οι Έλληνες, κατανοώντας, ότι δεν ήταν δυνατή η από τα βόρεια εισβολή, επιχείρησαν να κατασκευάσουν υπόνομο, για να γκρεμίσουν το τείχος στο κυριώτερο μέρος του, χωρίς όμως αποτέλεσμα.
Κατά τις ημέρες αυτές της πολιορκίας έφθασε πρό της Ναυπάκτου, εκτιμώντας την ευρύτερη σημασία των πολεμικών αυτών επιχειρήσεων για τον καθορισμό των ορίων του νέου κράτους, ο Κυβερνήτης Ιωάννης Καποδίστριας, επιβαίνοντας στο ατμοκίνητο πολεμικό «Ερμής».
Ο Βεζύρης —Φρούραρχος της Ναυπάκτου Κιόρ Ιμ-βραήμ Πασάς— αντιλαμβανόμενος ότι πλέον έχει φθάσει το τέλος, έστειλε στον Κυβερνήτη τον Αχμέτμπεη, ζητώντας δεκαήμερη ανακωχή, για να κερδίσει χρόνο. Ο Καποδίστριας, εκμεταλευόμενος την ευκαιρία, διερμήνευσε στον Κιόρ Ιμβραήμ Πασά, ότι υπάρχουν ελπίδες αποχώρησης των τουρκικών στρατευμάτων με ασφάλεια.
Στις 11 Απριλίου υπογράφτηκε η ανακωχή και ο Κυβερνήτης, αφού την επικύρωσε, αναχώρησε για τη Βοστίτσα, το σημερινό Αίγιο.
Μετά πολιορκία μερικών ακόμη ημερών, απελπισμένος ο Πασάς για τη σκοπιμότητα της συνέχισης της άμυνας, διεμήνυσε στον Τοποτηρητή Καποδίστρια, ότι, αν υπάρξουν εγγυήσεις για την εξασφάλιση της φρουράς και των επιθυμούντων να εγκαταλείψουν την πόλη, είναι πρόθυμος να παραδώσει το φρούριο. Υπογράφτηκε το συμφωνητικό της παράδοσης, κατά το οποίο μάλιστα οι τουρκικές οικογένειες θα μεταφερθούν με πλοία στην Πρέβεζα, με δαπάνη της ελληνικής κυβέρνησης, οι στρατιώτες θ' αναχωρήσουν διά ξηράς, οι δε ελληνικές δυνάμεις δεν θέλουν έμβει, ούτε πλησιάσει στο φρούριο, εάν προηγουμένως δεν εξέλθουν όλοι οι τούρκοι.Η καθυστέρηση, λόγω της προεργασίας για τη μεταφορά των τουρκικών οικογενειών με πλοία και την έξοδο των τουρκικών στρατιωτικών δυνάμεων, ανάγκασε τον Καποδίστρια να αξιώσει την επίσπευση της παράδοσης της πόλης, ενόψη των διαβουλεύσεων για τον καθορισμό της έκτασης, και των ορίων του νεοελληνικού κράτους, η οποία πραγματοποιήθηκε την 18η Απριλίου με την έπαρση της ελληνικής σημαίας στην κορυφή του κάστρου της ελεύθερης πια πόλης .
Την επομένη επισκέφτηκε την Ναύπακτο ο κυβερνήτης Ιωάννης Καποδίστριας, επιβαίνοντας στη φρεγάτα «Ελλάς» για να χαρεί «επί τόπου δια των ιδίων οφθαλμών την νίκην εκείνην των ελληνικών όπλων», όπως γράφει ο ακαδημαϊκός Διονύσιος Κόκκινος στην ιστορία του για την ελληνική επανάσταση. Τόση ήταν η σημασία της πολιορκίας και της άλωσης της Ναυπάκτου για την επέκταση των ορίων του νέου ελληνικού κράτους, από τον Ισθμό της Κορίνθου στη γραμμή Άρτα - Βόλος, ώστε η Κυβέρνηση εκφράζοντας τη χαρά και την ικανοποίηση των Πανελλήνων, διένειμε δώρα στο στρατό, για την επιτυχία του αυτή: στους στρατιώτες της ξηράς 45.000 γρόσια, στους ναύτες του στόλου 15.000 και στους τακτικούς και το πυροβολικό 4.000 γρόσια, καίτοι η οικονομική κατάσταση της χώρας μας, όπως είναι γνωστό, τελούσε υπό δεινή δοκιμασία.
Η απελευθέρωση της Ναυπάκτου από τον Οθωμανικό ζυγό υπήρξε ιστορικό γεγονός για την εξέλιξη του απελευθερωτικού αγώνα 1828-1829, όχι μόνο για την στρατηγική της θέση στη Ρούμελη, αλλά και γιατί προπαρασκεύασε την παράδοση των φρουρών του Μεσολογγίου και του Αιτωλικού, την απελευθέρωση της Στερεάς Ελλάδας. Στη σημασία του γεγονότος αυτού αναφερόμενος ο πολύς Σπυρίδων Τρικούπης έγραψε:
“Η άλωσις της Ναυπάκτου στερέωσε τον αγώνα κατά την Στερεάν Ελλάδα και απήλπισεν όλους στην δυτικήν Ελλάδα Τούρκους, οίτινες εγκαταλιπόντες όσας κατείχον εν αυτή θέσεις, εκτός των εν Μεσολογγίω και Αιτωλικώ, ανεχώρησαν εις Πρέβεζαν”, ενώ, “η ελευθέρωσις της Ναυπάκτου προετοίμασεν την του Μεσολογγίου”…
Η απελευθέρωση της Ναυπάκτου από τον Οθωμανικό ζυγό υπήρξε ιστορικό γεγονός για την εξέλιξη του απελευθερωτικού αγώνα 1828-1829, όχι μόνο για την στρατηγική της θέση στη Ρούμελη, αλλά και γιατί προπαρασκεύασε την παράδοση των φρουρών του Μεσολογγίου και του Αιτωλικού, την απελευθέρωση της Στερεάς Ελλάδας. Στη σημασία του γεγονότος αυτού αναφερόμενος ο πολύς Σπυρίδων Τρικούπης έγραψε:
“Η άλωσις της Ναυπάκτου στερέωσε τον αγώνα κατά την Στερεάν Ελλάδα και απήλπισεν όλους στην δυτικήν Ελλάδα Τούρκους, οίτινες εγκαταλιπόντες όσας κατείχον εν αυτή θέσεις, εκτός των εν Μεσολογγίω και Αιτωλικώ, ανεχώρησαν εις Πρέβεζαν”, ενώ, “η ελευθέρωσις της Ναυπάκτου προετοίμασεν την του Μεσολογγίου”…
